吉本興業が福岡事務所を開くにあたり、テレビ西日本と共同で立ち上げたオーディション番組『激辛!?お笑いめんたい子』が放送されることに。落研にエントリー依頼が来たことから、華丸と大吉は「岡崎君と吉岡君」というコンビ名で出場。出場者8組中上位2組が所属になるところ、2人は4位という結果に終わった。なお、優勝はカンニング竹山と田中健二のコンビ「ター坊ケン坊」。
しかし、福岡事務所の旗揚げ公演のため出演者が必要ということで、改めて吉本興業から声がかかり、同年5月に1期生となる。所属にあたり、持ち掛けられた芸名は「ゴモラとガメラ」と「華丸・大吉」の2択。迷うことなく「華丸・大吉」を選び、その後、「めでたいから」という理由で「鶴屋華丸・亀屋大吉」と改名した。

芸人デビューから1年経たずして、福岡よしもと芸人の番組『どっちもどっち博多っ子倶楽部』（九州放送）、2023年で37年目を迎えた大人気長寿番組『若っ人ランド』（テレビ熊本）、『夜はとことん』『とことんサンデー』（テレビ西日本）、初冠番組「華丸・大吉の鉄腕ももち」（テレビ西日本）など多数の番組にレギュラー出演。

数々のレギュラー番組など順調な活動を続ける中、常設劇場「吉本111劇場」(翌年「吉本ゴールデン劇場」に改称)がオープン。
大阪の人気芸人なども出演するようになり、大阪芸人のファンが爆発的に増えた。

2001年に「M-1グランプリ」がスタート。出場資格が10年目までだったため、すでに11年目だった2人は諦めていたところ、吉本社員の勧めにより出場。順調に勝ち進んだものの、準決勝ではますだおかだ、華丸・大吉、麒麟というネタ順にビビり、急遽、日韓ワールドカップを題材にした時事ネタを作成。これが大ウケし周囲から決勝進出確実と言われるも、改めて主催が協議した結果、結成11年は出場資格に値しないということで失格となってしまう。これが最初で最後の「M-1グランプリ」出場となった。

2人の運命に大きな影響を与えたのが、福岡事務所の姓名判断に詳しい女性パート職員さん。退職する際、「1つだけ聞いてほしいことがある」「名前が悪すぎる、このままでは売れない」と、「博多華丸・大吉」という名前への改名を懇願する。
さらに、「華丸さんがすごい運を持っている」「改名したら2年以内に東へ向かって欲しい」というアドバイスも。その言葉通り、翌年に2人は上京。華丸の躍進へとつながっていく。

福岡で15年近く活動を続け、地元での人気を築いた華丸・大吉だが、テレビを中心としたメディアの状況が刻一刻と変化を遂げる中で、福岡での限界を感じていた。それでも大吉は「東京で売れる勝算がない」と考えていたが、華丸が子どもの学校事情を考えて「行くなら今年がラストイヤー」と話し、2人は東京進出の決意を固める。
『エンタの神様』（日本テレビ）に出演したら福岡に帰ろうと思っていたものの、オーディションに落選。（これが理由で福岡に帰れないと華丸はいまだに嘆いている）
しかし、『とんねるずのみなさんのおかげでした』（フジテレビ）内の人気コーナー「博士と助手～細かすぎて伝わらないモノマネ選手権～」で、華丸が『パネルクイズ アタック25』（テレビ朝日）の司会・児玉清のモノマネで優勝し、一躍注目を浴びる。

博多華丸・大吉の冠番組『華丸・大吉のなんしようと?』は、テレビ西日本で毎週放送されているバラエティ番組。2009年4月24日放送開始以降、2023年時点で放送600回を超える長寿番組となっている。

九州で知らぬ人はいない明太子製造・販売会社「ふくや」の創業者夫妻をモデルに、明太子の誕生秘話を描いたテレビ西日本創立55周年記念ドラマ『めんたいぴりり』の主演に華丸が抜擢された。
演技経験がほとんどなく一度は断った華丸だが、監督の熱意に押されて承諾。いつも漫才の台本を大吉から本番直前に渡されるため、セリフ覚えは得意という大吉からのスパルタ訓練がドラマに活かされたそう。その大吉もスケトウダラの妖精役で友情出演。2015年2月には続編「めんたいぴりり2」も放送された。

ドラマ、続編ドラマ、舞台化、に続いてついに『映画 めんたいぴりり』がこの年の1月に公開。製作発表会見で華丸は「福岡の魅力がすべて詰まった映画」と話した。
同年9月には二度目の舞台化となる『めんたいぴりり～博多座版～未来永劫編』を博多座と明治座にて上演。さらに2023年6月には映画版第2弾『めんたいぴりり　パンジーの花』が上映。公開記念舞台あいさつでは華丸も「まさかここまで賞味期限が長いとは……」と驚いていた。